2016年1月1日，國家稅務總局頒布的《企業所得稅優惠政策事項辦理辦法》（國家稅務總局2015年第76號公告，以下簡稱《辦法》）正式執行。根據該《辦法》規定，企業所得稅優惠事項全部取消審批，一律實行備案管理方式。《辦法》正面列示的55項優惠事項中，有24項需要填寫《備案表》并附享受優惠政策的相關資質、證書和文件等，28項只需填寫《備案表》，3項優惠全部以申報代替備案。企業所得稅優惠事項全面改為備案管理之后，稅務機關的工作重心從事前審批轉向事后管理，對于企業優惠事項備案資料也只是形式審核，更強調由納稅人對備案資料的真實性、合法性承擔法律責任。基于此，企業應該高度重視，防范相關稅務風險。
處罰點一：
企業備查材料未留存
根據《辦法》第十五條規定：企業留存備查資料的保存期限為享受優惠事項后10年。稅法規定與會計處理存在差異的優惠事項，保存期限為該優惠事項有效期結束后10年。這完全符合稅收征管法實施細則第二十九條“賬簿、記賬憑證、報表、完稅憑證、發票、出口憑證以及其他有關涉稅資料應當保存10年”的要求，同時又對存在稅會差異的優惠事項的有效期做補充說明，體現了稅收法規制定的嚴謹性。
例如，某企業2015年完工某生產用廠房，原值1000萬元，根據企業所得稅優惠事項備案管理目錄（2015年版）第54項“固定資產加速折舊或一次性扣除”的規定，企業應當留存以下四項材料備查：企業屬于重點行業、領域企業的說明材料；購進固定資產的發票、記賬憑證等有關憑證、憑據（購入已使用過的固定資產，應提供已使用年限的相關說明）等資料；核算有關資產稅法與會計差異的臺賬；省級稅務機關規定的其他資料。
這些材料的保存期限應當從優惠事項有效期結束后開始計算。根據《中華人民共和國企業所得稅法》實施條例第六十條規定，除國務院財政、稅務主管部門規定外，房屋、建筑物計算折舊的最低年限為20年。由于加速折舊最低折舊年限不得低于規定折舊年限的60%，因此，該廠房最低折舊年限為12年，加速折舊優惠事項有效期為2015年～2027年。在這12年中，該項資產稅法折舊額大于會計折舊額，企業依法享受所得稅優惠，并每年填寫《固定資產加速折舊（扣除）明細表》。優惠事項有效期結束后的10年，即2028年～2037年期間，企業都要留存保管備查資料。這樣，企業留存備查材料最長可達22年。如果未按要求期限留存備查材料將受到處罰。
處罰點二：
備案手續辦理不及時
企業辦理所得稅優惠備案手續，還應該注意時間期限。
企業已經享受稅收優惠，但在匯繳期間未按照規定備案的，應在主動發現或稅務機關發現并責令整改后，及時補辦備案手續，同時提交《目錄》列示優惠事項對應的留存備查資料。稅務機關審核企業相關資料后，認定企業不符合稅收優惠政策條件的，將按照稅收征管法相關規定處罰。根據征管法第六十二條規定，納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處2000元以下的罰款；情節嚴重的，可以處2000元以上1萬元以下的罰款。值得注意的是，征管法在這里用“可以”的描述，而非“應當”，這賦予了稅務機關自由裁量權，即可以根據實際情況酌情處理。在實際工作中，基層稅務機關一般先用責令限改處理，發送“責令限改通知書”，處2000元以下罰款，如果超過責令限改期限還未更正的，處2000元以上1萬元以下罰款。
處罰點三：
備案材料弄虛作假
根據《辦法》第二十條規定，稅務機關后續管理中，發現企業已享受的稅收優惠不符合稅法規定條件的，應當責令其停止享受優惠，追繳稅款及滯納金。如果發現納稅人存在弄虛作假的行為，將追繳減免的稅款，按日征收滯納金，同時按征管法相關規定處理。例如，偽造殘疾人證書，偽造資源綜合利用證書等主觀惡意行為，都將會受到處罰。
征管法第三十二條規定，納稅人未按規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。同時征管法第六十三條規定，納稅人偽造、變造、隱蔽、擅自銷毀賬簿、記賬憑證，或者在賬簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報，由稅務機關追繳其不繳或者少繳納的稅金，并處補繳或者少繳稅款50%以上5倍以下罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
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